坐大在皮岛的毛文龙已成为尾大不掉的态势，处理毛文龙问题的轻率与专断，在很大程度上促成了袁崇焕的悲剧命运。
皮岛又称为椴岛、东江，是位于渤海中的一座长十五里、宽十里的岛屿，与鸭绿江口的獐子岛和鹿岛遥相呼应，呈现三足鼎立之势。由于皮岛地处当时的后金、朝鲜和明朝的辽东、山东登州、莱州之间，战略位置十分的重要。
毛文龙原本是杭州的一个无业游民，三十岁时经他的舅父推荐给辽东巡抚王化贞，很快脱颖而出，一直升到副总兵。此后他率军进驻皮岛，利用该岛的交通要枢条件，召集流民，通商开发，几年间就使该岛遂称雄镇。皮岛地处后金海上咽喉之地，当明军在辽东的几座重镇相继失守之后，皮岛的战略意义更加的突出。
毛文龙尽管有过杀良冒功的行径，但是他治理的皮岛对后金仍是极大的牵制，朝廷包括对政事一向不感兴趣的天启都充分认识到了这一点，不仅把他提升为总兵，还多次派人前往慰问。毛文龙就像叮附在后金身上的一只跳蚤，虽然不至于使后金为此丧命，却可以不断地骚扰它，使它不得安宁。
但坐镇一方的时间稍长，这只跳蚤就变得不那么容易控制了，朝廷上下开始对毛文龙由腹诽到口诛笔伐，而毛文龙也的确由于久镇一方而变得骄横不法。他几乎把皮岛的驻军变成了毛家军，军中担任要职的大多是他的子侄或义子，将领全部姓毛。
他虚报兵额二十万人，其实不到五万人，其他十几万人的军饷，大多落入他的私囊。他利用皮岛地处海上要冲的优越地理位置，向来往商船征税，而这并没得到朝廷的授权。
袁崇焕对毛文龙的这些不法情况了如指掌，而且这位有道德洁癖的忠臣在还没有正式接触毛文龙之前，就已经定下了应对之策。还在京城期间，阁臣钱龙锡问及如何处理和毛文龙的关系，袁崇焕脱口而出：“可用则用之，不可用则杀之。”
不难看出，驱使他这样做的并不是个人私利，而是个人的道德好恶，他看不惯毛文龙的骄横不法，更看不惯毛文龙对朝廷诏命的阳奉阴违。但无论如何，毛文龙罪不致死，更何况大敌当前，毛文龙也算是独当一面的方面大员，如此草率地加以杀戮，袁崇焕何其失策。
果然袁崇焕到任后，和毛文龙关系极为紧张，他首先派官员到皮岛对毛文龙的经济进行审计，接着又宣布海禁，不许商船径直开往皮岛。这招颇为毒辣，直接的后果就是使毛文龙原本十分丰厚的税收从此颗粒无收，毛文龙当然不愿就此服输，他多次上书崇祯，但崇祯的态度含糊，不肯表态。
奏章中，毛文龙悲愤地说：“诸臣独计想要除去臣，而不计除掉他，将江山当作满足自己的私忿，将操戈矛于同室。”以后发生的一系列变故，毛文龙这一介武夫的激愤之语并非虚妄之词，只是那时的变故，不仅毛文龙看不到，袁崇焕也看不到了。
袁崇焕上任开始，首先对付的竟然是自己人毛文龙，这是很令人惊讶的事情，隐约透露出这位以忠勇自诩的高级将领，大概也信奉攘外必先安内的信条。毛文龙不愿意服输，袁崇焕理所当然地认为这就是不可用，既然不可用，那么就要杀他。
对付毛文龙一事，充分体现了袁崇焕的智谋，可惜这智谋对付的不是虎视眈眈的后金，而是同一战壕里的战友。袁崇焕一面对毛文龙动了杀机，一面为了麻痹他，主动给他送上一大批军饷。紧接着袁崇焕以阅兵为名，深入皮岛。
对此毛文龙全然不备，当毛文龙手下的将领前来参见袁崇焕时，袁崇焕当即煽动：“我在宁远前线的官兵，军饷比你们高，都还吃不饱，你们在海上更加劳苦，军饷却更低，还要靠它养家糊口，我对此感到心酸，你们受我一拜吧。”
毛文龙手下将领对袁崇焕的一席话，既有几分感动，又有几分畏惧，古人所谓恩威并施，大概就是如此。
就是在这次会议上，袁崇焕当众宣布毛文龙有十二大罪，然而真正沾得上边的不过两三条而已，其他大多是捕风捉影的罗织之词。更何况真正要处死一个高级将领，只要有一条坐实的大罪就行了，过多的罪名反而暴露了一个事实，那就是罗织者生怕罪名不够充足，理由不够充分。
毛文龙当天即在帐前遭斩首，死在他苦心经营了十年的皮岛上，毛文龙的部众被袁崇焕整编，毛家军从此不复存在。
虽然此前崇祯赐予了袁崇焕可以便宜行事的尚方宝剑，但袁崇焕竟然在不作任何汇报的情况下，擅自处死一名朝廷和崇祯均认为可以独当一面的高级官员，这不仅是简单的越权，简直就是擅作威福的草菅官命。
然而崇祯也有他的苦衷，他刚把辽事全盘托付给袁崇焕，把袁崇焕确定为力挽狂澜的不二人选，袁崇焕本人也立下了五年平辽的军令状，那么追究处死毛文龙之罪，不但毛文龙已死而无济于事，反而有可能影响五年平辽大计。
也就是说，当崇祯迫不得已下诏对袁崇焕的行为表示赞许时，这位君主的内心有一条基本的底线，那就是袁崇焕必须兑现五年平辽的诺言。如此一来，袁崇焕相当于把自己推上了绝路。
当袁崇焕处心积虑地解决他认为尾大不掉的毛文龙时，后金抓住这一有利时机，在安抚了漠南蒙古之后，皇太极亲率十万大军，绕开袁崇焕重兵防守的宁远和锦州，从辽西经蒙古地面，由蓟门一带明军防守的薄弱地带入侵。
当皇太极的大军越过喜峰口长城，兵临距北京只有二三百里的遵化城下时，袁崇焕才如梦初醒，急忙亲率主力进入山海关增援。这时的北京早已经人心惶惶，也就是袁崇焕星夜驰往关内的前一天，山海关总兵赵率教为解除北京被围的困境，在遵化与皇太极激战，不幸战败而全军覆没。
次日，也就是袁崇焕大惊之余入关的那一天，遵化守军崩溃，巡抚王元雅自杀，副总兵朱来同等人弃城逃跑，总兵朱国彦与夫人一同自杀。朱国彦自杀前，把临阵脱逃将领的名字一一书写在案上。
几个月前，袁崇焕在平台召问时，信誓旦旦地向崇祯表示五年平辽，刚愎而又多疑的崇祯正是看在这一点上，才对袁崇焕冒失诛杀毛文龙不加计较，而今不但平辽成泡影，后金大军竟然兵临城下，崇祯气恼之余，还多了一种被欺骗的愤怒。
崇祯一面起用孙承宗守卫京师，一面下令调外地军队勤王。事已至此，如果袁崇焕能够及时打退皇太极，估计崇祯虽然仍会对他心怀不满，但肯定不至于被撤职，更不至于被下狱。可怕的是，袁崇焕一不小心又犯了个错误，导致他犯这个错误的，不是能力，而是他的忠心。
当时京城已经有谣言，说皇太极此次入侵，是袁崇焕已暗中降了后金。袁崇焕从关外星夜赶往京城，本应在京城以外的通州地面和后金军队决战，但他怕北京有所闪失，就径直率大军直抵京师门外，并要求军队入城。手握重兵的大将要求深入京城，多疑的崇祯哪里信得过？
对袁崇焕而言，他以为自己是十足的忠诚，是在为君王考虑；而在崇祯和朝廷大臣而言，袁崇焕不在城外退敌，却想率军入城，谁能保证他真的和后金没有丝毫瓜葛？再说由于不少皇亲国戚和太监都在城外修有别墅，这些别墅大多遭到后金军队的洗劫和焚毁，皇亲国戚和太监们没法找后金讨个说法，于是都迁怒于袁崇焕。
这时皇太极仅仅用了并不高明的离间之计，就使得袁崇焕从封疆大吏一落而为阶下之囚。与其说这是皇太极的高明，倒不如说是崇祯对袁崇焕的所谓信任原本就是镜花水月。
崇祯没有立即对袁崇焕动手，倒不是他相信袁崇焕，而是后金军队还在北京城外。崇祯在平台召见袁崇焕，袁崇焕此时也深知自己处境不妙，因此他极力向崇祯和其他大臣渲染后金是如何强大，如何势不可挡。他甚至向其他大臣说，满洲人此次前来是想做皇帝，已经选定在某天准备登基了。
袁崇焕之所以如此说，并不是他惧怕后金军队，而是希望借强大的后金胁迫朝臣们向崇祯提出与后金议和，争取缓冲时间以备战，然而已经对袁崇焕和后金有密约半信半疑的崇祯只是顾左右而言他。
深究君王与大臣的关系，很容易就能感受到其中难以用语言描述的微妙，他们之间也是一场博弈，只是这场博弈往往被喷上忠诚和贤明之类的油彩。尽管崇祯已对袁崇焕心生恶念，但他在平台召见时仍然做出和蔼可亲的样子，还把自己的貂皮大衣脱下来，亲自给袁崇焕披上。
中国历史上，经常可以看到的一个细节就是，主子脱下自己的衣服给臣子披上，而臣子此时除了感恩戴德，就是暗暗下定决心，要为主子流尽生命中的最后一滴血。
仅仅过了几天，当崇祯安排好接替袁崇焕的人选之后，这位和蔼可亲的人君一下子变得声色俱厉，袁崇焕被召进宫，依然是在前两次召见的平台前，暴怒的崇祯下令将袁崇焕拿下。
接下来，崇祯下旨，将袁崇焕依律磔之，他的妻子和袁崇焕的兄弟一起，流放两千里以外，那一场大快人心的凌迟就这样不可阻挡地发生了。当袁崇焕在刽子手冷漠无情地数刀数的声音和周围看客们兴奋的斥骂声中承受临死前的煎熬时，注定了大明帝国只有毁灭才是最终的结局。
袁崇焕，一个不是战神的神，那刮在身上的三千五百四十三刀，乃是一个民族的千古之痛。
袁崇焕说：“我不入地狱，谁人入地狱。”最终他下了地狱，一下就是直入十八层地狱，而且一下就是百年，百年中被亿万国人骂为汉奸，似乎要被打入十八层地狱而永世不得超生。
希望每一个中国人都能记住那刮在身上的三千五百四十三刀的痛。那三千五百四十三刀的痛，乃是一个民族的千古之痛，犹如阴魂不散一般久久不能散去，至今仍能听到它从地狱深处传来。